具体运用完整性的时候，有三个容易引起歧义的情况。
1)假定最初研究目标为A
但是在实现A的过程中，发现A不可行，却意外的发现了B。在这种情况，论文撰应该围绕B来进行，对于A目标的辩护和相关文献最多只能作为研究背景来陈述，而对B的实现应该遵循完整性原则。
2)论文的局限性(Limitation)和未来研究建议(Future research)
任何研究都是基于某些假定，不可避免的在实验条件、分析工具、现存理论等限制下具有一定的局限性，所以对于局限性的认识和对未来研究的建议成为了很多论文很有价值的部分。但要注意的是，这两个部分和完整性原则不冲突。局限性是设定的研究目标和范围对于探索研究问题的局限性，而非完成研究目标的研究过程的局限性。虽然论文完成了研究目标，局限性表明该目标的完成对认识研究问题的不充分性，以此需要在未来研究中设立其它补充性的研究目标以充分认识研究问题。
3)联合论文形式
这种论文形式表现在针对一个研究的几个创新部分分别撰2篇或以上的职称期刊在同一个期刊上，并使用相同的大标题和不同的子标题。
这类情况往往出现在“新方法解决新问题”的情况下，对于研究方法和研究成果都有显著的创新，所以在2篇文章里分别强调方法和结果。
这类文章虽然比较少见，但是同样也必须遵循完整性原则，其中任何一篇论文都应该独立成篇，应该充分完成对研究目标的实现。所以该情况下，研究目标就必须合理的设定，比如对于方法创新论文应该以创新方法为目标，而对问题创新论文应该以探索新问题结果为目标。