【原则一】 Critical (评判性)
培养评判性思维能力(critical thinking)是西方高等教育体系的一个关键目标，也是我国目前争论最为广泛的教育和科研改革的重要内容。美国哲学学会对评判性思维的定义为，“Critical thinking is defined as purposeful, self-regulatory judgment, 1
an interactive, reflective reasoning process of making a judgment about what o believe or do”(评判性思维是有目的的，自我调节的判断过程，是个体对相信什么或做什么作出判断的互动的反映性的推理过程)。笔者认为，针对科学技术发展的评判性思维是科研能力的核心价值，评判性思维的培训是年轻学者培养如博士生教育的关键任务。
科研方法有三种：新方法解决老问题，老方法解决新问题，新方法解决新问题。毫无疑问，科研需要“新”，即创新性。那么创新性应该来源于哪里呢?创新不是凭空臆想(主观主义)，也不是灵光一现(机会主义)，创新来源于对已有知识产生的背景、过程、证据、方法、理论、以及评价知识的标准等正确与否作出评判性的思考和推理。此外，由于资源有限性，单纯的求新不应是唯一的科研导向，有价值的科学意义上的创新研究工作应该拥有充分而合理的评判性的证据支撑。简言之，科研不应为“创新”而创新，而应为“实践”而创新。而这两方面反映到具体的科研能力上，其核心就是一种评判性的思维和实践。
具体来讲，对于运用“新方法解决老问题”，需要评判：
为什么老问题需要新方法?
老方法为什么不能有效解决老问题?
而更重要的是：
为什么该新方法可能具有解决该老问题的潜力?
对与运用“老方法解决新问题”，需要评判
为什么新问题需要解决?
为什么老方法可以解决新问题?
最后是对于运用“新方法解决新问题”，同样要评判
为什么新问题值得研究?
为什么老方法不能解决该新问题?
为什么提出的新方法有潜力解决该新问题?
对这些问题的回答应该是科研设计和论文指导的必要切入点。
由于科研思维过程和论文指导思路具有内在的一致性，可以更为具体的把评判性思维反映到以基本论文结构为脉络的各个部分当中。
1)研究背景：研究领域大的背景的重要性，比如对社会、经济、环境、健康等方面的效应。
2)研究问题：对确立的研究问题的评判性的检测，即该研究问题对探究大的研究背景领域的积极意义和潜在的具体贡献。
3)文献综述：“文献综述”不是“综述文献”，而是“评判文献”。在科学论文中，对已有文献的方法和结论的回顾应该具有充分的评判性，在科研设计和论文撰的时候，必须充分评判已有文献对该研究问题的解决程度、价值和意义，更重要的是基于此评判，为本研究的实施、方法的选取等进行合理辩护。
4)研究假定和研究目的：提出研究假定和研究目的的时候必须进行合理性、适度性和可行性的综合评判和辩护。
5)研究方法：提出的研究方法，不论是新方法或老方法，都必须充分评判该方法达到研究目的和解决研究问题的特质和潜力。
6)研究结果和结论：对取得的研究结果需要进行深入讨论和观察，以现存文献为基础，对研究结果的一致性和异常性等进行充分的评判，并获得具有充分证据支撑的结论。
【原则二】 Consistent (一致性)
牛顿说“如果我看得比别人更远些，那是因为我站在巨人的肩膀上”。这句名言可以从一致性的方面进行理解：伟大科研成果的取得离不开广大的科研同行多年的尝试和努力，换言之，创新具有广义一致性。实际上，广义的评判性思维可以看作一致性和批判性的有机结合，也就是继承和批判。但是，一致性由于其对严谨科研思维的培训极为重要而具有特殊地位。一致性是一个科研人员必须具备的基本素质。
具体来讲，一致性主要反映到科研设计和论文指导两个方面。
1)科研设计
前面提到的三种科研设计方法前两种都涉及到一个“老”：老问题，老方法。而在第三类“新方法解决新问题”，其中新方法和新问题的“新”也都不可避免属于相对意义的“新”。新的问题和方法往往来源于老问题或老方法的演变和发展，如同大自然的新陈更替，对新问题的解决和新方法的探究离不开对老问题和老方法的理解和评判。原理的一致性是科研设计的重要切入点，包括研究策略、实验设计、分析方法、变量定义等等，创新的获得来源于继承和批判，但都必须具有充分的与前人研究的广义一致性。